АБХ в 2016 году в феврале ему не продлило da-eu.

В таком случае очень интересен вопрос о выдаче Rechtsbehelfsbelehrung. Если такового не последовало, у Вашего знакомого есть ещё месяц, чтобы оспорить решение в вышестоящей инстанции и/или суде

слазив в какую-то свою внутреннюю программу, где видимо отображено куда и когда иностранец выезжает

Такой программы не существует. Это, скорее всего, был Melderegister, в котором АВН увидело отсутствие зарегистрированного места жительства в Германии.

Он попросил официальный отказ, ему выдали с формулировкой

Он у него сохранился?

Он пытался угрожать судом, немцы этого боятся, но тут не испугались, сказали - вперёд, ваше право, но типа смысла в этом особого нет

Угрожать не нужно было, следовало просто взять и оспорить.

Лично мне кажется, что по da-eu кто-то сверху спустил указ создать подобный прецедент

Не думаю.

поэтому они так себя и вели свободно, в АБХ этом

Скорее всего, АВН, не глядя в закон, просто "примерило" условия утраты силы NE к DA-EU. Поэтому очень интересно было бы почитать их обоснование отказа.