если гражданин России получает гражданство одной из страны EU, и потом гражданство DE - нужно ли выходить из российского и иметь три гражданства ?

Судите сами:
§10 Abs. 1 Satz 1 Nr. 4 StAG:

(1) Ein Ausländer, der seit acht Jahren rechtmäßig seinen gewöhnlichen Aufenthalt im Inland hat und handlungsfähig nach § 37 Absatz 1 Satz 1 oder gesetzlich vertreten ist, ist auf Antrag einzubürgern, wenn er
...
4. seine bisherige Staatsangehörigkeit aufgibt oder verliert,
...

§12 Abs. 2 StAG:

(2) Von der Voraussetzung des § 10 Abs. 1 Satz 1 Nr. 4 wird ferner abgesehen, wenn der Ausländer die Staatsangehörigkeit eines anderen Mitgliedstaates der Europäischen Union oder der Schweiz besitzt.

То есть, если руководствоваться дословно написанным в §12 Abs. 2 StAG, то достаточно наличия у лица гражданства одного из государств-членов ЕС или Швейцарии, чтобы не применять к нему требование §10 Abs. 1 Satz 1 Nr. 4 StAG. Видимо, §12 Abs. 2 StAG не учитывает случаев наличия множественных гражданств у одного лица, среди которых есть и гражданство одного из государств-членов ЕС/Швейцарии. Но как по мне, в случае, если ЕВН потребует выйти из гражданства не-ЕС, то оспорить это требование в суде шансов мало, учитывая дух закона, т.е. базовое требование утраты предыдущего гражданства при натурализации в Германии...