А если этого не сделал (ТС этого не хочет), то так же могут возникнуть вопросы относительного того, где он все это время был - в Германии или где

Для немцев - вопросов не будет. Человек въезжает и выезжает из Германии. Из того, что человек не сделал Anmeldung и не застраховался в Германии никак не следует, что он всё это время был в другой стране шенгена. Если поймают - будет мелкий штраф максимум.

Более того, немцам это безразлично, т.к. ВНЖ по любому не сгорает, а за нарушения шенгенских правил наказывать должна та страна, где эти правила нарушались, т.е. Испания/Португалия. Германии Ваши нарушения в Испании по барабану.

Для испанцев/португальцев - тоже вопросов не будет. Живу в Германии, приехал на недельку.

Если есть уверенность, что в Испании/Португалии штампов не ставят, в компьютер не заносят и пограничник Вас не запомнит - можно и через эти страны летать. Смысл летать через Германию (если он есть) не в том, чтобы оставлять следы в Германии, а в том, чтобы не оставлять излишних следов в Испании.