ауслендерамт ответственности не несет.

Конечно не несет. Он же не стережет границу шенгенской зоны, у него другие задачи. А границу охраняют совсем другие, специально обученные службы. Они и несут ответственность за проверку документов у пересекающих границу.

Вот и думаем при чем тут транзит,если Польша в ЕU.

А чё тут думать? Транзит будет при чем и тут, если вы будете добираться из России в Германию транзитом через Польшу. Германия, Польша и Россия это три разных государства, независимо от того в какие и с кем союзы они входят.Если будете лететь прямым рейсом Россия - Германия, то транзит конечно ни при чем. Самая большая проблема, которая в этой связи может возникнуть на польской границе, это затраты времени на выяснение польскими пограничниками "А можно ли так, чтобы действительный немецкий еАТ и недействительный уже российский загранпаспорт, на который тот еАТ оформлен?" Когда они выяснят для себя, что можно, проблема рассосется сама собой. Сколько времени им для этого выяснения понадобится, две минуты или два часа, узнаете на месте, если все таки решите добираться транзитом через Польшу.