Не совсем понял приведенную вами ссылку на немецком, гугл транслейт подвел

Попробуйте так:

(1) The following periods shall be credited towards the necessary periods pursuant to Section 9a (2), sentence 1, no. 1:
...
2. previous periods of residence in the federal territory with a residence permit, settlement permit or EU long-term residence permit, where the foreigner was in possession of a settlement permit or an EU long-term residence permit at the time of leaving the federal territory and the settlement permit or the EU long-term residence permit has expired solely on account of residence outside of Member States of the European Union or due to acquisition of the legal status of a long-term residence in another Member State of the European Union, up to a maximum of four years,
...

В ФАКе написанно что в сумме период отсутствия в ЕС не должен превышать 18 месяцев. Означает ли это что если я уеду к примеру в США на два года, по возвращению в Германию, мне уже не засчитают 3 года работы и отчислений при подаче на ДА-ЕГ?

Процитированный Вами отрывок из FAQ касается исключительно владельцев ВС. Поскольку у Вас имеется и NE, и BC, на Вас распространяется (в том числе и) правило о зачёте предыдущего срока пребывания в Германии, о котором я писал выше (вот, кстати, ещё один пример преимуществ обладания двумя ВНЖ одновременно). Получается такая себе поблажка немецкого законодателя тем иностранцам, которые на момент выезда из Германии уже приобрели право бессрочного пребывания в ней.

Для большей уверенности рекомендуется перед отъездом из Германии обратиться в АВН и получить у них согласие на длительное отсутствие без риска для NE