BK, оказывается, бывают двух видов - BK (befristet) и BK (unbefristet, она же Niederlassungserlaubnis)

Как я понял, у Вас в настоящее время NE +BK. Как именно оформлен этот еАТ? Главный NE, а BK упоминается в примечании? Если так и это же АБХ Вам выдало раньше такой "гибридный" титель, АБХ теперь противоречит само себе.

а уж написать "Ehem. Inh. der BK" они никак не могут, потому, что это будет значит, что я был в прошлом её обладателем, а в настоящем уже не являюсь.

Так как я собираюсь подавать на "продвинутую" DA-EU в конце мая и сохранить при этом BK, было у меня такое же опасение, и оно на Вашем примере, к сожалению, оправдалось. В принципе, вполне логично, что АБХ прикопалось к этой неувязке. Лично мне пока не ясно, как можно опровергнуть этот аргумент. Без соотв. примечания Ваш DA-EU будет выглядеть как обычный, а не "продвинутый", что лишает, по сути, весь процесс смысла.
Можно схитрить и предложить в ответ сделать "продвинутый" DA-EU в паре с NE, который у Вас уже имеется. Тут АБХ уже не может отказать, так как есть § 51 Abs. 9 AufenthV и хорошо всем известное решение суда. После выдачи "продвинутого" DA-EU, подать новый антраг на BK - если к тому времени еще предпосылки будут выполняться - и сослаться опять же на решение суда о разрешении иметь два тителя и более.

На мой взгляд, АБХ будет сложнее отозвать уже выданный "продвинутый" DA-EU, заменив его на обычный, по причине, что иностранец вдруг опять стал обладателем BK, и примечание с этой ситуацией логически не увязывается.

Что теперь делать не очень понятно

Не хочу показаться банальным, но Вам стоит применить на практике универсальный совет, который здесь постоянно всплывает, - добиться-таки от АБХ изложить все эти аргументы в письменном виде. Затем уже плясать от содержания этого ответа.