Через несколько месяцев по различным причинам пришлось вернуть его в Россию

Ох, зря... ОЧЕНЬ зря.

-не аннулировали ли его ВНЖ после ухода из реальшуле

В принципе, он уже потерял ВНЖ, так как выезд носит НЕвременный характер из-за учебы, а разрешение на отсутствие Вы в АБХ наверняка не брали.

-можно ли просить возобновления ВНЖ на том основании, что он будет продолжать учёбу в Германии

Какую учебу? Для учебы в Realschule никто ВНЖ не даст. А для учебы в универистете, для которой можно было бы получить ВНЖ, у него не хватает стартовых данных, раз он всего только в 9 классе.

В данном случае вариант видится только один: он может попробовать получить новый ВНЖ по воссоединению с Вами, если еще проходит по возрасту и если у Вас достаточно денег.

Сколько ему сейчас лет и как долго он вот прямо сейчас уже отсутствует в Германии? Это важные вопросы, ответье, пожалуйста.

Если даже Вам удастся ввезти его по старому ВНЖ прямо сейчас, буквально завтра, и сразу устроить в школу, то минимальный шанс, что отсутствие пройдет незаметным, есть. Но никакой гарантии нет, что отсутствие не всплывет в самый неподходящий момент. При продлении ВНЖ первое, что у него потребуют, будет справка из немецкой школы. В некоторых школах в справках пишут, что ребенок учится не просто в таком-то классе, а еще и с какого числа. А в некоторых АБХ при продлении ВНЖ у школьников требуют оценки за прошедшие 2-4 полугодия. Если даже он прямо сейчас приедет учиться обратно, то есть вариант, что у него по справкам из школы всплывет отсутствие, даже если чиновник не орбатит внимания на штампы в загранпаспорте.

-забирать ли мне в Германию его карточку ВНЖ

Зачем?