в наличии двух типов ПМЖ в Германии мне видится некая дискриминация, которую можно было бы оспаривать в судах ЕС

Не думаю, что с юридической точки зрения это является дискриминацией. С таким же успехом можно утверждать о дискриминации обладателей временных ВНЖ по сравнению с обладателями бессрочных ВНЖ. Так что если уж и поднимать этот вопрос в наднациональных судебных истанциях, то лучше идти по второму пути.

С другой стороны, в Прибалтике же есть огромное количество неграждан по неволе, которым из чисто политических соображений отказались давать гражданство, и ничего с ними не делают

Именно. Не делают потому, что эти вопросы относятся к суверенитету государства.

Хотя в отличие от Прибалтики я не вижу ни одной причины для немецкого государства отказывать обладателям NE, прожившим 5 лет в Германии, в Da-EU, это чистая бюрократия и лень законодателей.

Обладатели NE бывают разными. Некоторые получили свой NE уже через три года пребывания в Германии либо даже раньше. При этом условие срока пребывания для получения DA-EU у них ещё явно не выполняется.

Так что если этот вопрос поднять хорошенько, законодатели, возможно, и сами навстречу пойдут.

Если законодатель изменит закон - это совсем другая история. Решить этот вопрос в судебном порядке если и можно, то, как по мне, только указанным выше путём.