Почти все правильно.
1. Я имел в виду, что нужно подавать все те же документы, что требуются на Голубую Карту: диплом, признанный в Германии, по правильной специальности, контракт более 36 тыс. в год, соответствующий этой специальности. Конкретно как подавать на национальную визу в Вашем случае, подсказать не могу, смотрите на сайте консульства и звоните туда.
2. По определению, национальная виза выдается для посещения Германии на срок более 90 дней, на длительные визиты и переезд. Т.е. выдают Вам визу для работы, Вы въезжаете, работаете. Дальше начинается чистая бюрократия: в Вашем случае Вы имеете право сразу получить ВНЖ по приезду в Германию, поэтому они делают срок действия визы 3 месяца, за которые Вы должны оформит ВНЖ. Это и логично, потому что без ВНЖ Вы не считаетесь проживющим в Германии и лишаетесь многих ништяков.
4-5. Вы подаете заявление на ГК, а Ваша семья на ВНЖ как члены Вашей семьи. У всех будет ВНЖ. У жены будет указано в частности, разрешено ли ей сразу работать.