1. Ограничения не будет, НЕ не может быть отягощено ограничениями, поскольку бессмысленно разрешить вам постоянное проживание в стране и фактически запретить работать.
2-3. Супруге ничего "нового" не дадут, останется тот же АЕ. НЕ только на общих основаниях, снятие ограничений на работу тоже никак не относится к вашему НЕ. Будет работа - можно требовать снятия ограничения.
4. Про новый электронный ВНЖ никто пока ничего не знает, в любом случае притирка к нему будет проходить еще долго. Вклеек в паспорт теперь ставить не будут вообще, тем более, что возможности "дублировать" ВНЖ в любом другом виде не было никогда и раньше. Странно, что вам вообще дали выбор что вы хотите, поскольку с сентября официально должны давать только эл. карту.
6. В случае утери карты обратитесь в АВН и они на основании своих архивов выдадут вам новую. Доказывать по новой ваше право на НЕ нет необходимости. Оно у вас есть теперь пожизненно, если не утратите его в результате собственной глупости.
Остальные вопросы бессмысленные.