Этот вопрос уже обсуждался в форуме, поищите. Штамп ПМЖ вам будет необходим только тогда, когда вы захотите получить немецкое гражданство, а для этого надо выйти из российского и представить немецким властям справку, а перед этим надо оформить ПМЖ. В принципе можно оформить ПМЖ не выписываясь из квартиры, тогда в загранпаспорте рядом со штампом ПМЖ будет записано "без снятия с регистрационного учета". В вашем случае это не имеет смысла, поскольку с такой записью вы не сможете встать на учет в консульстве и все равно должны будете решать все вопросы вроде замены паспорта по месту прописки в России. Если вы выпишитесь из квартиры, оформите ПМЖ и встанете на учет в консульстве, то новый паспорт (если истек срок старого или он утрачен) вам будут оформлять в консульстве. Если (не дай бог) ваш паспорт украдут и вы не стоите на учете в консульстве, то вам в консульстве дадут справку по которой можно въехать в Россию и там оформлять новый паспорт, а затем обращаться в консульство Германии и восстанавливать вид на жительство. Выбирайте, что вам больше нравится.