> - Создание разделов:
/var отдельно.
> - автоматический update системных компонентов
Ручной, только там где security updates появляются. Просто обновлять версии, ради обновления я бы не стал.
> - update веб-приложений, которые установленные (типа PHPMyAdmin и т. д.)
См. предыдущий пункт.
> - настройка SSH:...
Для sshd прикрутить pam_abl: http://www.hexten.net/pam_abl/
> - ограничение в количестве свободного места на HDD для каждого пользователя, который имеет доступ в терминал тут ещ╦ точно не определился как это реализовать... lvm?
http://gazette.linux.ru.net/rus/articles/quota_mini-howto.html
> - на сервере не должно быть никаких компиляторов
Компилятор можно всегда залить на сервер. Необходимо добиться невозможности запуска програм пользователем.
> - регулярные или по надобности репорты о свободном месте на сервере
>- регулярные или по надобности репорты о каких нибудь происшествиях в логах веб-сервера, мэйл-сервера, других важных сервисов
>- регулярные или по надобности репорты о появлении медиа файлов, загруженных пользователями
Логгирование лучше вообще вести на другую машину.