Законодательство Германии подразделяет правонарушения на две категории:
1. Нарушение порядка (Ordnungswidrigkeit)
2. Преступление (Straftat)
Насколько мне известно, совершённое однократно мелкое хищение в магазине относится к первой категории. То есть, формально стоит в ряду таких действий, как, например, проезд на красный сигнал светофора или пьяный дебош .
Наказание, предусмотренное за данный проступок, Вы уже понесли, заплатив штраф в размере 100DM и получив годовой запрет входить в данный магазин (т.н. Hausverbot). Протокол же необходим полиции для отчётности по выездам на вызовы, статистики и т.п.
Проблемы при получении визы могут возникать, как правило, у иностранцев, попавших в список (если не ошибаюсь, он называется Strafregister) лиц, осуждённых за уголовные преступления (например, хищение губной помады путём вооружённого грабежа). Это, как видите, не Ваш случай.
Впрочем, для 100%-ной уверенности лучше проконсультироваться с адвокатом.