Хочу навсегда уехать из Германии и развестись.

Муж сказал, что если я уеду, то никогда не смогу вернуться в Германию на долгосрочный период, только как турист максимум на 3 месяца в год. Так ли это?

Эм, у меня ощущение, что вы не совсем помните, что писали.
Вот это неправда, прямо специально цитирую. Вы ж про постоянное пребывание спрашивали, а не как турист. Никто не мешает ездить на три месяца по шенгену. Вернуться жить будет вопрос совершенно иной сложности.
Вернуться можете, ЕСЛИ будете удовлетворять условиям для новой визы для въезда, вам тут уже двести раз написали про все. Так вот, с двумя детьми это будет чертовски трудно. Или оставайтесь тут с аусбильдунгом или еще так, или уезжайте, но потом не жалуйтесь, что не получается вернуться.
И да, таскать детей туда-сюда считаю так себе идеей. Но вам как матери видней.
Ну и то, что дети видят разборки родителей, это ваша родительская недоработка. Какое бы мурло ни был выш муж, вы с ним двух детей родили и теперь всю жизнь с ним придется договориваться.