Для меня осталось загадкой - как так?

Очень просто, нет тут никакой загадки. Баллы за сертификаты разных уровней не суммируются. Баллы за более высокий уровень "поглощают" баллы более низкого уровня. Если бы она подала сертификат В1, а не А2, то сразу бы получила 15 баллов "за язык". И за два сертификата, т.е. А2 и В1 она получит те же 15 баллов, просто после дополнительной подачи сертификата В1 "прибавка" к уже имеющимся у нее 5-ти баллам за А2 составит 10 баллов. Вероятно, именно на эту "прибавку" и указывают "во всех таблицах".

если на момент подачи всё успокоится

В смысле, если российско-украинская война перейдет в позиционную фазу? Так она уже в ней. И в наступившем году сулит только активизацию, а не успокоение. Вы же не собираетесь откладывать момент подачи на десятилетия?

может что-то другое ещё придётся придумывать.

Ваша мама не спикает часом по аглицки или по французьски? Сертификат В1 по инглиш или франсэ дал бы ей еще 5 баллов за "третий язык".