1) Сколько раз и куда нужно ехать для подачи заявления (я обитаю на Кубани сейчас)?

Могут попросить довести ещё какие-то документы.

3) Год-полтора всё разбирается - за это время можно успеть развестись. Об этом сразу нужно сообщить - но повляет ли это на исходную систему набора баллов (тем паче считают две разные организации)?

Да повлияет, но сообщать об изменение семейных обстоятельств надо обязательно.

4) Нужно ли самому искать себе еврейскую общину в Германии и договариваться о принятии?

Не нужно.

5) (Самое актуальное.) Религиозный вопрос. Формулировки расплывчаты: "никакой религии, кроме иудаизма". По логике, атеист тоже может пройти. Но далее часто уточняют: "для интеграции в иудейское религиозное (культурное) сообщество"... Кроме того, в списках идентичностей часто "атеизм" идёт в перечне религий (!) - значит, формально является ценностной системой, противоречащей иудаизму.

Во-первых атеизм не считается религией, во -вторых есть много примеров когда атеисты получали положительное решение, в-третьих если не нравится атеизм то можно просто указать Keine ( нет) , в четвертых анкету надо заполнять честно.