1. Основной вопрос, от ответа на который зависит время подачи заявления. В большинстве "инструкций" и памяток для ЕИ фигурирует "брак от 3 лет"

Да это необходимое условие для "смешанных" семей. Раньше никак нельзя.Если ваш будущий муж еврей то можете подавать и до 3 лет.

2. Ориентируясь на последнюю памятку сайта, посчитала наш ПИ:
- возраст до 30 лет - по 20
- высшее образование - по 20;
- опыт работы - у МЧ 5 лет, у меня 2 года, т.е. ему начислят 10 баллов по этому критерию, а мне нет, верно?
- членство в еврейских организациях - вот это для меня темный лес. Членство в московском Гилеле с 2016 года - то самое, что требуется?
- немецкий - А1 у МЧ, следовательно, ему 0 баллов, А2 у меня - 5 баллов
- английский - в ближайшее время планирую сдать IELTS, т.е. еще +5 баллов в мою копилку, так?
- родственники в Германии есть у МЧ (но есть шанс,что они о нем не особенно помнят/знают) - стоит ли вообще это указывать?

В "памятке" на сайте много ошибок. Вам поскольку браку менее 3 лет не будут считать на семью, а на каждого отдельно.

Вы с английским наберете 50 баллов.Ваш МЧ набирает тоже необходимые баллы. Родственников лучше указать. Тут не карты, перебор не страшен.

Я полагаю, что это не является причиной для отказа. Права ли я?

да.

4.
5.

Эти вопросы для других форумов.

6. Вопрос, плавно вытекающий из 5. При указании желаемой земли/области, могу ли я обосновать свой выбор, например тем, что тот университет, в который я планирую поступать, находится там-то, или этого недостаточно? Например, программу MA British Studies реализует Humboldt-Universität zu Berlin, поэтому я указываю желаемую область где-то поблизости.

Можете, но это не значит что ваше желание выполнит БАМФ.