"Проблем у нас при получении разрешения на въезд, как бы не возникло, даже с учетом того, что основным подтверждением явилось не свидетельство рождения мамы или паспорт ее, а моя метрика, где была национальность матери"
_______
Правильно, потому что ни в каких метриках национальность новорожденного не указывалась и не указывается, указывалась только национальность родителей. А у Вашего сына в свидетельстве о рождении что написано насчет национальности его отца (то есть Вашей)? И каким годом датировано свидетельство о рождении Вашего сына?
Я бы на Вашем месте подстраховалась и другими документами, где указано, что бабушка еврейка. Например выписка из старой домовой книги, военный билет бабушки (у советских медсестёр и работниц связи был такой военный билет, так как они были военнообязанными). Но если таких документов нет, или их невозможно получить, то это не катастрофа, подавайте те, что есть.

"владеть немецким языком хотя бы на ровне А1" Это что за уровень? Ну что должен человек знать? Как и где дают сертификат? Проверяют ли его потом? Кто и каким образом?"
________

А1 - это базовый, начальный уровень, включающий в себя владение элементарной грамматикой, понимание текстов на простые бытовые темы. В Украине единственное учреждение, аккредитованное для выдачи сертификатов – это киевский Институт Гёте. Учить язык можно где угодно, необязательно в Институте Гёте, но сдавать экзамен на сертификат только там. По другим республикам бывшего СССР не скажу. Сертификат могут проверить по звонку (позвонить в учебную часть и проверить действительно ли Ваш сын проходил экзамен, когда и с каким результатом). При подаче документов в консульстве Вашему сыну могут задать простой вопрос на немецком языке и послушать поймет ли он его и как ответит. А могут и не задать. Язык надо учить по любому,

"доказать, что одна из еврейских общин Германии примет их." Я должен посылать запрос в Zentralen Wohlfahrtsstelle der Juden или??"
_______
Нет, уполномоченные еврейские учреждения в Германии (их два: ZWST и UPJ), сами составят прогноз о возможности принятия Вашего сына в одну из еврейских общин Германии, запрос будет делать немецкий BAMF, на основании документов, которые Ваш сын сдаст в консульстве при подаче заявления на ЕИ. Ваш личный запрос не требуется.

"Принадлежность к общине..... интересно, обрезание учитывается"
___________
Речь идёт лишь о справке из еврейской общины по месту жительства Вашего сына, на предмет является ли Ваш сын членом еврейской общины по месту своего жительства. Иными словами: есть ли он в списках членов. За эту справку начисляют 10 пунктов интеграции. За справку об обрезании не начисляют ничего.

Как Вам известно, членом еврейской общины может быть человек, у которого мать еврейка (неважно обрезан или нет) ИЛИ тот, кто прошёл гиюр в установленном порядке. Я так понимаю, Ваш сын гиюр не проходил.
К сожалению, сам факт обрезания не является доказательством того, что Ваш сын прошёл гиюр. Обрезание детям, у которых отец еврей, делают и ДО гиюра. Но факт обрезания может служить доказательством НАМЕРЕНИЯ пройти гиюр в будущем. Тем не менее одного намерения мало, чтобы иметь право быть членом еврейской общины. Но может быть достаточным, чтобы быть "другом" еврейской общины, это уже на усмотрение местной еврейской общины. Справка о прохождении обрезания не помешает в любом случае и справка о том, что Ваш сын друг еврейской общины по месту жительства тоже не помешает. Прикладывайте.