wizuma, здравствуйте!
Мне кажется, вряд ли у Вас получится "усидеть на двух стульях", придется выбирать.

Ваше положение понимаю и сочувствую очень, лично мне тоже Чехия нравится гораздо больше Германии, несмотря на невысокие зарплаты (правда, и цены там иногда пониже немецких). И если бы не "птичьи" права в Чехии, тоже остались бы в Праге. А Вы знаете, что для получения чешского ПМЖ там необходимо прожить не менее пяти лет и сдать чешский на А1 (если ничего не поменялось за последнее время)? В принципе, несложный уровень. Если же учиться, то год учёбы засчитывается как 6 месяцев проживания. С другой стороны, не так и страшно, многие мои знакомые, даже со студенческими визами вначале, уже получили ПМЖ...
Либо, таки, пытайтесь "добить" Ваше разрешение в Германию, хотя сложностей у Вас будет вагон. Но у Вас есть еще одна возможность - доучиться в немецком университете и затем искать работу в Чехии, это уже зависит от Вашей специальности.
В общем, захотелось Вас поддержать, поэтому написала, хоть и полезной информации ноль.
Вы, главное, решите определенно, какой путь выбрать, и он обязательно получится!
Если чем-то могу помочь, пишите в личку.