Вы имеете в виду паспорт для беженцев? В Законе о гуманитарной акции от 1980, который применяется как основа для приема еврейских эмигрантов наряду с разничными инструкциями, в приниципе указано о возможности выдачи контингентным беженцам "паспорта". Насколько мне известно, Берлин был чуть ли не единственной землей, где применялась подобная практика (вроде бы еще во Франкфурте такие паспорта тоже давали, в других землях отказывали сразу). Теперь этому приходит конец и в Берлине, т.к. еврейские переселенцы не являются беженцами в политическом плане, имеют гражданство стран СНГ, посещают родину. Поэтому наличие паспорта страны исхода с вкленным ВНЖ в сочетании со свидетельством о приеме в качестве еврейского эмигранта вполне достаточно для опеределения вашего статуса. Действия ведомства по иностранцам Берлина, рекомендующие вам получить паспорт Белоруссии, если вы являетесь ее гражданином, совершенно правомочны.
Не вижу причин расстраиваться из-за потери "паспорта беженца". Практической пользы от него мало, никаких дополнительных прав он не дает.