1. Щёлкать может либо движуйщийся не по правильной траектории надколенник (коленная чашечка), что, в общем, не редкость у девочек в этом возрасте. Обычно щелчки можно спровоцировать медленно поднимаясь по лестнице, особенно в фазе, когда нога стоящая на верхней ступеньке поднимает вверх всё тело.
2. от растяжки типа шпагата, колену ни жарко ни холодно. Для связок (особенно для передней крестообразной) колена опасны ротационные движения, когда под большой нагрузкой происходит вращение вокруг вертикальной оси именно в колене. Менис можно порвать при резком и очень глубоком приседании, при приземлении после прыжка, если нога и колено не успевают стабилизироваться мускулатурой.
3. Если здоровье на первом месте, нужно не завязывать с черлидами, а детально обследовать ребёнка. Спорт (умеренный) это и есть составляющая здоровья. Если, не дай Бог, действительно что-нибудь со связками, то большей вред Вы нанесёте бездействием.
4. проф. спортсмены при разрывах связок сразу оперируются. Без здорового связочного аппарата проф. спорт не возможен. Цель спортивной хирургии - ввести человека обратно с спортивную жизнь. А вот если травма запущенная, то, в подавляющем большинстве случаев, со спортом приходится прощаться.

наличие хоть и минимального выпота, говорит о произошедшей травме. Тут как раз говорится о области надколенника. Вполне может быть, что девица упала на колено.

тут говорится о врождённой, немного не правильной форме надколенника, что приводит к движению не точно по ложбине надколенника. Отдалённый результат: повреждения хрящевой поверхности самого надколенника и ложбины. В Вашем случае пока повреждений не видно, по крайней мере на МРТ снимках, что, однако, не 100% достоверно. У девочек в этом возрасте хрящ может быть слишком мягкий и при перегрузках колено реагирует болью. Может быть, в Вашем случае, достаточно дать девочке паузу в пару месяцев.

а вот эта часть должна настораживать.
отчетливые признаки растяжения передней крестообразной связки ...... связка визиализируется не чётко, утолщена, разволокнена в дистальной половине, не полный разрыв, но частичный в нижней части.
Ещё раз повторюсь: 1. Обеспечивает ли остаток связки стабилизацию колена? 2. Касательно коленной чашечки - нет ли вродённого хронического подвивиха надколенника?
Ответ на эти вопросы может дать врач только на очном осмотре. Действия по ответам - возвращение к спорту через операцию или через консервативное лечение или тоскливая забота под лозунгом "здоровье на первом месте"
У Вас на уме больше второе место, занятое ребёнком. Вы больше рассказываете о её тренировках, чем о том, что сказал врач, приняв решение отправить девочку на МРТ и при разговоре после МРТ. Просто так на МРТ не отправляют, значит у него были какие-то сомнения/подозрения.