Разумеется, Япония - пример совершенно особой культуры, с колоссальными внешними и внутренними отличиями от понятной для нас, (европейцев, как-никак), культуры западно-европейской. Возраст Вашего младшего мальчика, 6 лет, это самое формирование личности, - оптимален для восприятия и освоения (в т.ч. через язык) окружающего мира и взаимоотношений в нем. То, что дома ему предстоит немалая конфронтация с тамошним укладом жизни - несомненно.
А что касается преселенцев в Германии, то наверняка эта проблема тоже реальна, хотя не стоит так остро, поскольку основное общение и воспитание происходит внутри обширных семей, среди близких и знакомых. Но дети, особенно, маленькие, прекрасно эти различия чувствуют и умеют соответственно ориентрироваться.
Как раз сегодня наблюдала в магазине сценку, когда бабушка упорно выговаривала внуку лет пяти по-русски, а он, все абсолютно понимая, отвечал по-немецки, ни одного русского слова у него не прозвучало. Вероятно, это проблема скорее для родителей, а не для детей.