Плюс абсолютное нежелание брать на себя ответственность не только за то, что происходит с детьми, но и за собственные ошибки.

Поэтому нести эту ответственность, как и расхлёбывать все последствия, будут дети...

А вы как бы поступили?

У меня нет детей. Не имея собственного (в идеале положительного) опыта давать советы -- несерьёзно. Могу лишь озвучить мысли, которые меня посетили:

Мне кажется, что нужен некто третий, кто априори будет на Вашей стороне и, в то же время, не менее компетентный по статусу, чем педагог. Например, детский психолог. Не школьный. Вы обратились к нему за советом, как наилучшим образом разрешить актуальные проблемы -- здесь очень кстати ситуация
с "плохими словами сына", которая является коронной для школы. Именно за неё и стоит зацепиться, используя её в свою пользу. В непринуждённой беседе
с психологом неожиданно (!!!) начинают всплывать другие эпизоды: красно-зелёный фломастер и далее по списку. Психолог предсказуемо озадачивается и начинает расспрашивать родителей. Родители всё подтверждают и невзначай (!!!) поведывают о содержательной беседе с учителем -- психолог в шоке! Тут
и уместно сыграть на его поддержке, педагогической компетентности и незаинтересованном мнении о поведении ребёнка / детей! Я бы его с собой взяла.
В школу. И пусть бы он там за мои деньги и озвучил своё -- промежду прочим! -- тоже компетентное мнение, которое Вам говорить чревато / страшно.

Но идти к директору может обидеть учительниц, посчитают, что "через козла" прыгаем.

Вы тут ни при чём. Это психолог всё. Вы к нему ребёнка, чтобы школе помочь -- ну, чтобы Ваш мальчик не ставил Kindeswohl школьников под угрозу.
А он сказал, что ситуация аховая и нужно срочно поговорить с директором, ибо беспредел полный и прежде всего Kindeswohl Вашего сына под угрозой!

И мне не нравится, что у Вас нет никаких доказательств бреда претензий Марьиванны. Она может прикинуться шлангом. Директор -- встать на её сторону...

В данном контексте мне импонирует идея с письмом. И именно в том ключе, в котором Вы и собирались его писать. То есть, Вы в роли покладистой роди-
тельницы, которая безоговорочно внимает каждому слову компетентного педагога и серьёзно озадаченной тем, чтобы впредь не создавать ей подобных проблем. Так как озвученное МИ-ой стало для Вас открытием, то у Вас есть опасения, что от шока и последующей растерянности Вы невольно могли упустить важные детали. Также допускаете, что в силу ограниченного времени и сострадания к родительской доле со стороны неравнодушной МИ-ы какие-то эпизоды
и вовсе могли остаться неозвученными. В силу того, что к проблематике Вы относитесь серьёзно и решительно настроены заняться наискорейшим её разре-
шением, то для Вас очень важно плодотворное сотрудничество с МИ-ой и, следовательно, уверенность в корректной трактовке всех эпизодов. На данный момент вы уже неустанно работаете над следующими моментами: ВСЕ (Вам же КАЖДОЕ слово педагога важно!) претензии МИ-ы по пунктам. Про лицо девочки я бы тоже (обязательно!) написала. Далее: уважаемая МИ-а, в случае необходимости, прошу Вас внести соответствующие поправки и дополнить перечень эпизодами, которые на Ваш взгляд также требуют коррекции... Чем более глупой и на всё готовой Вы прикинетесь -- тем выше вероятность того, что она ответит максимально "правильно", ибо сдержаться от мнимого осознания собственного превосходства и безграничного профессионализма будет нелегко. На мой взгляд, лучше всего писать по электронке, дабы придать переписке максимально неофициальный формат и не провоцировать МИ-у на подозрения.