я в корне не согласна с тем, что дочь отгородилась от детей, сев за парту.

Это Вы так думаете. И Ваша дочь. )) Понимаю девочку, потому что сама была "белой вороной" и сделала бы то же самое. Мало того, в прямом смысле слова кайфовала бы от того, что наконец-то сижу одна! Именно поэтому мне хорошо знакома реакция общественности на подобные "выкрутасы". Как правило,
это воспринимается в штыки: "Самая умная, что ли? Чойта ты тута демонстративно выпадаешь из круга? Мы тебе не по нраву, выходит?" И начинааается.
При этом мне искренне безразлично мнение общественности, что эту самую общественность лишь ещё больше выводит из себя -> ситуация усугубляется...

В Вашей истории мне вот что в глаза бросилось: а почему, собственно, вся такая педагогичная учительница позволила / позволяет этому трындецу быть?
Ну вот, например, села девочка отдельно: учительница же не дура и понимает, чем рискует обернуться данная ситуация. Почему бы тут же не спросить: "Почему ты выбрала именно это место?" Девочка бы и ответила: "Чтобы лучше слышать, дитя моё." Далее в руках педагога развернуть диалог / ситуацию
в нужное русло -- дать всем понять, что девочка таки не имела злого умысла и всех любит. В общем, ребята, давайте жить дружно! Она этого не сделала.

Мальчик сказал о том, что его коллега взял не тот фломастер -- опять-таки открыть рот, принять участие в ситуации и максимально нивелировать конфликт:
"Он (извините, не знаю имя ребёнка) прав, здесь нужен зелёный, а не красный фломастер." После на примере этой ситуации дать родителям понять, что мальчик с такого рода замечаниями таки нарывается на неприятности. В руках родителей объяснить это ребёнку и научить, как выходить из таких ситуации.

История с победительница-не-победительница тоже мягко говоря далека от педагогичности...

Замечание "Ваша дочь сидит с постной миной!": "Вы поинтересовались, уважаемая Марьиванна, почему? Может её кто обидел?!? Ой, извините! Нет, мы никогда не поверим, что в Вашем классе ТАКОЕ возможно! Ну, не знаю... Может голова у неё болела? Она так не любит жаловаться и тааак любит школу,
что умрёт, но досидит до победного! И ваще, Марьиванна, Вам деньги не за то, что Вы детей нюхаете физиогномикой занимаетесь плОтят, ага..."

"Детей сделали виноватыми в недоброжелательном климате": а разве это не обязанность / ответственность педагога? Доброжелательный климат то.

Дадите слабину сейчас -- затаривайтесь пустырником до окончания начальной школы. Как школа заступается за свои кадры, так и Вы -- как мать -- заступаетесь за своих детей. Главное -- дипломатия. Что касается вероятности ухудшения оценок: расставьте приоритеты и действуйте в соответствии с ними.
И я присоединяюсь ко мнению, что инициатором всего легко может быть некая тёмная лошадка, которая ни коим образом не отсвечивает, а действуют пешки...