"стукачкИ получают тоже очень плохую школу жизни"

Дело не в гипотетических "тёмных". Если учитель поощряет подлость, то это однозначно очень плохо для развития ребёнка.

разницу между стукачеством и обоснованным заявлением

А ведь я продолжила: когда надо незамедлительно принимать меры. Это в бОльшей мере относится к вашему ребёнку, потому что он и далее будет бояться "донести" и "стукнуть" даже там, где не сделать этого вредно и опасно.

Необоснованно было наказание.

Это верно. Если мальчик склонен к употреблению плохих слов, то надо наказывать, например, как у вас, снижением оценки за поведение. Единичный случай, вскрикнул от боли - и учительница не нашлась, как поговорить с ребёнком!
А вот "друг" - если бы стукнул случайно, то извинился бы или обозвался в ответ. Пойти наябедничать - это логично продолжить агрессию. (Мама, только вы этот аргумент не приводите в беседе с учителями. Вы защищаете своего, а не мажете чужого. А в беседе с сыном о дружбе и предательстве этот случай может оказаться к месту)