По другим предметам хорошая успеваемость.

Это хороший аргумент для разговора с директором. Значит все остальные учителя претензий к вашему сыну, в т.ч по поведению, не имеют. Я бы описала ситуацию, как она видится сыну, и добавила, что у сына складывается мнение, что учитель поступает из личной неприязни. А личная неприязнь для учителя недопустима. И вам непонятно, какую конкретную цель преследует учитель, если он игнорирует извинения или объяснения со стороны сына. Неужели он хочет эскалировать ситуацию?

Кстати такого учителя вполне могу себе представить. У нас тоже один такой был, всю мальчиковую половину класса по очереди отсылал к школьному психологу, у всех по очереди находил "вопиющие недостатки". На самом деле психологическая помощь ему самому бы не повредила. Нам пришлось написать открытым текстом, что очевидно этот учитель не способен нормально работать с классом.

И еще один совет насчет ухода в Миттельшуле. Вы понимаете, что все Verweise, на которые вы не написали возражения, уже есть в личном деле вашего сына? Личное дело передадут в новую школу, они будут с самого начала, грубо говоря, предвзяты. Уходить по-моему не выход.