Ну знаете, если они знают оценки, которые он получал за письменные работы, и если это были 2 и 3 чаще, чем четверки, значит надо прийти к учителю и попросить (потребовать) объяснить, как высчитывался балл. Спокойно, вежливо, но настойчиво. При необходимости привлечь завуча или директора. У меня была похожая ситуация, мне учитель на бумажку выписала все оценки, которые она ставила моему сыну. Мы вместе высчитывали, какую оценку он должен получить за последнюю контрольную, чтобы получить определенную оценку за полугодие. А что с устной работой? Он отвечал на уроках?
Со слов ребенка все было прекрасно? ну так пусть он пожинает плоды этого прекрасного - остается сидеть второй год - это не трагедия, может старания добавится и трезвой оценки своих сил. Ребенку, а тем более мальчикам в этом доверять нельзя, родители вашего племянника этого не знали?
На собрания ходить недостаточно. Там для учителя все родители вместе, в куче, одной массой. Надо было ходить ВО ВРЕМЯ УЧЕБНОГО ГОДА к учителю в приемные часы или по вечерам, когда устраиваются дополнительные приемные часы. Сейчас, если учебный год закончился, все это делать просто поздно. Ах ты пела - это дело, так поди же попляши.