подскажите пожалуйста, .........
как вы считате надо их обрезать / пасынки/ , если кусты еще совсем низкие?

Обрезание пасынков не имеет никакого отношения к тому какая расада у вас выросла.

Обрезание пасынков - это последующее формирование куста томатов. Хотите в один ствол, формируете один ствол. Хотите в два ствола, формируете в два ствола.

Если вас беспокоит то, что кусты перенесли стерсс от длительных заморозков и не потянут формирование в два ствола, то ваши опасения напрасны. Если они оклимаются, то им без разницы, сколько стволов вы оставили.

У меня тоже первая расада на грани выживания. Кусты стоят жёлтые, растут медленно. Низкие ночные температуры, продолжавшиеся длительное время ввели растение в каматозное состояние. Сейчас я их отпаиваю крапивой. Расада, каторую я посадил на втором этапе, после заморозков, зеленее и уже выше первых.

Подстраховывайтерсь всегда. не садите всю расаду за один раз. Делите на несколько этапов.