Это зависит прежде всего от Вас самих, какое Вы решение примете. В каждом варианте есть свои плюсы и минусы, поэтому тяжело советовать..
Если решите зарегистрировать брак в Германии, придется оформлять визу невесты - это в любом случае означает достаточно долгий сбор документов и приличные сроки ожидания. Плюсом в этом случае является то, что после заключения брака не нужно ждать воссоединения, а можно сразу остаться с мужем.
В случае брака в С-Пб. возможно все пройдет проще в плане документов, но потом нужно будет после свадьбы расставаться и ждать воссоединения.
Вы были уже в ЗАГСе Питера? Узнавали, какие документы требуются для заключения брака от немецкой стороны? Достаточно ли справки о семейном положении или требуют т.н. Ehefaehigkeitszeugnis? Если его требуют, то на мой взгляд нет особой разницы, где заключать брак, т.к. придется собрать приличное количество бумаг в обоих случаях, какое бы Вы решение не приняли. Если же будет достаточно справки о семейном положении, то я бы зарегистрировала брак в России - это будет гораздо быстрее.
Удачи!