да, я думаю, Вам исковое заявление нужно подавать по месту прописки сына, т.к. ответчик проживает за рубежом, а в суде должны участвовать местные органы опеки и попечительства.
для усыновления в России согласия отца не достаточно. нужно сходить в органы опеки и попросить список документов - он состоит где-то из 20 наименований (это если бы усыновлялся сирота). я уже тут много раз писала - некоторым удалось провести усыновление в России (и на Украине) по внутрисемейному варианту, тогда список сокращается в два раза. попробуйте сходить на консультацию к грамотному адвокату, может быть, он сможет провести усыновление по этой схеме (в законах я не нашла, что бы это могло быть. не исключаю, что раньше была такая форма и она была отменена, но факт остаётся фактом - она иногда срабатывает). самое главное - поскольку Вы рос. гражданка, по Семейному кодексу Ваш муж усыновляет Вашего сына как если бы это был российский гражданин. то есть требовать дополнительные документы как с иностранца с него не имеют права.
но я бы в Вашем случае попробовала обойтись без усыновления и подала документы на воссоединение прямо сейчас - с двумя нотариально заверенными согласиями отца: 1. на выезд с передачей прав Вам (посмотрите текст, он и в этой ветке приводился), 2. на усыновление Вашим мужем. скажите, что усыновлять Ваш муж хочет в Германии, так как вы все будете проживать там.