Мои вопросы:1. Сколько надо платить сверху при коммерческом платеже - это какая-то установленная сумма или процент от суммы посылаемой?

Процент. Со €100 платится 3,99

2. Может ли Пэйпал сам считать и брать эту наценку? То есть могу ли я просто указать, что плачу за товар и до продавца должна дойти такая-то сумма - чтобы накрутка добавилась автоматически и мне не надо было самому ее рассчитывать и приплюсовывать?

Не просто может, но и сделает это автоматически. Когда Вы указываете сумму перевода, то получаете окно, в котором Вам сообщат о гебюре.

Вы можете также выбрать заполнить поле суммы, которую Вы отправляете или суммы, которую должен получить продавец. В обоих случаях рассчитывается гебюр и приплюсовывается к сумме перевода.

3. В чем преимущества второго способа для того, кто платит - можно ли, например, платеж отозвать обратно, если товар не получен?

Да, платеж можно отозвать, открыв спор. Деньги не передаются сразу продавцу, а депонируются на счёте пэйпэл и удерживаются там, если мне память не изменяет, до 40 дней как раз на случай, если покупатель захочет их вернуть. Желание вернуть должно быть обоснованным: не получили товар, получили не то, что заказали и т. п.