Для начала гляньте спецификацию плеера по разным форматам -- что он поддерживает, а что нет. Скорее всего, mp4-контейнеры он просто не поддерживает, их содержимое нужно будет перемикшировать во что-то поддерживаемое (avi, vob, mkv и тд) При этом -- в отличие от перекодирования, когда видео пережимается -- содержимое всех содержащихся в mp4-потоков (видео, звук, субтитры и тд) просто помещаются в другой контейнер, т.е. процедура длится очень недолго. Я сейчас навскидку не назову вам "новые" программы для этого, но в те далекие времена, когда я ещё этим страдал были программы вроде AviDemux > открыл, выставил видео и аудио в режим Copy, выставил нужный контейнер (скажем, avi) и вперед.

Скорее всего, сейчас есть и более навороченный софт, но имхо старенького AviDemuxa для перемикширования вам должно хватить за глаза.

PS. Если не поддерживается и avi, что будет уж совсем странно, и все остальные выходные форматы AviDemuxa, можно найти аналогичные программы для микширования в практически любой (поддерживаемый вашим плеером) контейнер.