Я выбирал в основном по двум критериям: учебная программа и отзывы других студентов. Есть CHE Hochschulranking auf ZEIT ONLINE, который составляется на базе отзывов студентов, плюс можно лично отыскать бывших выпускников и текущих студентов, благодаря социальным сетям, и у них можно уже не только спросить их мнение, но и раздобыть слайды и протоколы экзаменов, чтобы самому видеть, что предстоит изучать и насколько глубоко.

В этом плане субъективное мнение тоже имеет огромное значение: есть вузы, которые натурально высасывают из студента всю душу, занижая балл за каждый чих, и в итоге престижность вуза перебьется средней оценкой на уровне 3.5 и капитально расшатанными нервами... Ни то, ни другое не восстанавливается ;-) При этом престижность вуза зачастую бывает только на словах, а фактически всего приходится добиваться исключительно своим трудом и знаний дается меньше, чем в более скромном вузе или FH.

Насчет учебной программы: неплохо также посмотреть расписание лекций на годы обучения, если таковое есть на сайте вуза. Бывает, что предметы заявлены в каталоге, но по факту их не будет ближайшие N лет или вообще никогда. Либо их нельзя комбинировать так, как хочется. Лично у меня составление нормальной учебной программы на магистратуру заняло около недели, и где-то треть предметов, что я хотел взять, в нее не вошли по тем или иным причинам :-(

Ситуация на рынке недвижимости тоже имеет значение: стоимость проживания, соотношение спроса и предложения, время в дороге до университета. При этом нельзя ориентироваться только на размер города. Жилья от штудентенверка на всех не хватает, в большинстве случаев придется искать на приватном рынке, где его тоже маловато будет и дают далеко не всем (могут и гражданство смотреть, и справку о доходах затребовать, и бумагу из шуфы, и вообще всё, что угодно).