Магистратура или аспирантура? А какова цель?! Если получение ученой степени, то для чего? Дальше в Германии или обратно в Россию?
Если долгосрочные планы на Германию - то где дальше работать - бизнес или наука?! В зависимости от этого - от целей образования в Германии - уже и вариант выбирайте. (Если все же ориентация на бизнес больше интересна - я бы порекомендовал магистратуру. Всего 1,5-2 года - и диплом в кармане. Докторантура же... может повториться то же, что и в аспирантуре в России - бросишь через пару лет... считай, время зря потрачено. Как самый "продвинутый"/экстремальный вариант - совместить докторантуру с магистратурой в разных вузах :) .)
Та же история с опытом работы - как мне представляется (по опыту широкого круга знакомых), лишь в каком-то в уникальном случае его получится использовать дальше в Германии (скажем, если точь-в-точь попасть работать по профилю вашей работы в России здесь, где бы ваш уникальный (?!) опыт был признан и востребован), а в общем случае - придется начинать с начала. И, соответственно, роли особой он играть здесь не будет.