Хотелось бы обратить внимание, что ситуация с гуманитарными науками в корне отличается от ситуации с естественными еще и из-за того, что очень много где "на местах" (в России) люди совершенно не владеют общепринятой (в мире) методологией. Другими словами говоря, Ваше магистерское исследование может так и вовсе вызвать вопрос... где там наука и новизна, что и зачем вообще делалось?! Может, естественно, и наоборот - вызвать бурные овации!
По истории конкретно: попытайтесь определить соответствие Вашей темы в России и желаемой темы исследований в Германии к немецкой системе. Посмотрите, где, кто, что и как делает. Далее есть 3 основных варианта:
1) его можно назвать "классический": Спишитесь с профессорами. Как вариант - заранее сделайте нормальное экспозе, вышлите сразу его в письме при первом обращении к профессору. Чтоб разговор был, так сказать, предметным. В экспозе следует учесть не только Ваш опыт и тему, но и "повернуть" её так, чтоб учесть в ней интересы конкретного профессора (на его страничке на сайте уни проследите основные работы, особое внимание обратите на проекты, которые он сейчас ведет, из этого сделайте вывод об интересах (как он делает историю?) - и обязательно их учтите в экспозе). Написанное экспозе (если оно на немецком) вышлите друзьям-коллегам немцам с просьбой его вычитать на предмет ошибок/чтоб оно "звучало". Далее, если профессор Вас берёт, по его рекомендации или самостоятельным поиском находите стипендии и подавайте заявки, или уже ищите позицию на кафедре через профессора.
2) вариант отличается от №1 только последним предложением - у многих профессоров есть проекты, в которых есть деньги. Можно выбрать тему/ написать экспозе "под проект" - тогда Вас в него включат и вопрос самостоятельного поиска стипендии снимается.
3) Самые разные graduate schools, коллеги в университетах. Это скорее "американизированный" вариант аспирантуры- там занятия как и в магистратуре, только длится это всё 3 года, 1,5/2 из которых - учеба, а оставшееся время - собственно написание работы. Большим "плюсом" здесь является (как правило) наличие стипендий на весь срок обучения. (Здесь, насвкидку - Маннгейм, Билефельд, Йена, Берлин...)
Вопрос о "признании магистра" - см. ветку "Русский диплом". Я считаю, что его признания не требуется ввиду нахождения и РФ, и ФРГ в Болонском процессе. Но некоторые "товарищи" имеют другое мнение. Хотя, опять же, здесь многое зависит от вуза, где диплом получен и куда подается. Если, скажем, у Вас диплом Историко-архивного института РГГУ или истфака МГУ или ЮФУ - вопросов не будет при приеме Вас в докторантуру*. А если какого-то частного института... сами понимаете.
P.S. Имхо, переводить немецкую докторантуру на русский язык словом аспирантура как минимум неправильно из-за результатов: по окончании докторантуры в Германии ты получаешь титул Доктора и часто сразу позицию профессора (junior). В России же - ты кандидат наук и старший преподаватель. Сложность обучения - опять же насравнима (в общем случае). Да и как в России часто покупаются и продаются степени - тоже общеизвестно. (Все это имхо и не в обиду отечественной науке, естественно.)
В рамках Болонского процесса аспирантура и докторантура действительно стоят на одной ступени и сравнимы - как ступень образования одного уровня. Чтобы проиллюстрировать эту "сравнимость" - в Узбекистане сейчас тоже выдают "Докторов" (PhD) после 3-х лет обучения после магистратуры. И в Оксфорде с Кембриджем тоже.