Ваше согласие или несогласие на научный метод никак не повлияет, не соглашайтесь сколько Вам влезет. Мнение неграмотных гуманитариев науку не интересуeт. Любая научная теория должнa подтверждаться эксперементально, это единственный критерий отличающий науку от лженауки.
А что физика? Вы каким образом вообще собрались рассуждать о физике, когда проводите параллели между физикой и метафизикой? Первое - фундаментальная наука, основа остальных, предметом изучения которой являются вещество, энергия и фундаментальные взаимодействия, второе - словоблудие никакого отношения к науке не имеющее. В науке нет места предмету метафизики - бытию, она не оперирует этим понятием вообще нигде.
Что Ньютон? Вы намекаете на божественность его открытий? Да Вы совершенно не знаете, просто, о чём говорите. Ньютон не родил свои законы из ниоткуда, у него был базис для того, чтобы попытаться сформулировать законы описывающие проистечение процессов в природе. До Ньютонa был Галилей, который проводил эксперименты в механике. Галилей экспериментально изучал инерцию и свободное падение тел, он является основоположником принципа относительности в классической механике. Ньютон же индуктивным методом вывел свои законы оснoвываясь на результатах проведённых экспериментов. Ньютоновская механика не самый глубокий уровень понимания классической механики. Более проще и точнее взаимодействия тел описывает Лагранжева механика, которая тоже нe является венцом механики. Ньютон безусловно внёс большой вклад в науку, но не было бы Ньютона, был бы кто-нибудь другой, необходимая критическая масса экспериментальных данных была уже накоплена.
Прежде чем заниматься словоблудием рассуждая о корнях физики попробуйте почитать учебники хотя бы средней школы. Я, конечно, могу дальше продолжить и добраться до Энштейна, и рассказать, что СТО возникла тоже не из ниоткуда вдруг, а явилась следствием того, что накопленные результаты проведённых экспериментов заставили понять, что классическая механика имеет свои границы применимости, что эксперементально обнаруженная абсолютность скорости света потребовалa аппарат описывающий, что происходит на скоростях близких к световым.
В том же, что кто-то из учёных был верующим человеком, я не вижу никаких противоречий. К научному методу - единственному методу с помощью которого развивается наука, это не имеет никакого отношения. Каждый имеет право на любые заблуждения, пока он не начинает тащить эти заблуждения в науку.