С 1 февраля 2009 года предстоятель Церкви — Патриарх Московский и всея Руси Кирилл (Гундяев), избранный на патриарший престол 27 января того же года на Поместном Соборе РПЦ. С 6 декабря 2008 года и до избрания патриархом он был местоблюстителем патриаршего престола.