о 30-40%

Ну, если вам действительно интересно...можете ознакомиться с данными начальника Генерального штаба В. Лобова...в 1991 г. он говорит о трети бюджета. (В. Шлыков Что погубило Советский Союз? Генштаб и экономика // Военный вестник, №8-9, 2002.). С учётом нижесказанного я считаю его цифру несколько заниженной.

О финансировании военных разработок из бюджета институтов.

Хм...значит, то, что я сам в таком институте работал и финасировало нас наше министерство, для вас не доказательство...хорошо...ну, тогда предлагаю вам применить логику и, если образование допускает, самостоятельно посмотреть в сети, в каких институтах защищались диссертации, например, на тему о гетеропереходах в структурах галлий-мышьяк, индий-сурьма и параллельно посмотреть, где это всё применяется...)

Ещё можете прочитать отличную книжку Чертока "Ракеты и люди" и обратить внимание на то, к каким министерствам были приписаны упомянутые им предприятия типа ЦНИИ МВ и пр. в подмосковном Королёве.