Церковь учила, что планеты - это просто камни, несущиеся по своим орбитам, предначертанным данными Богом законами небесной механики<<< Где об этом можно прочитать? Об орбитах,о законах небесной механики, как учении церкви?

Для начала в Библии, где "светило малое" и "светло большое" даже лишены имён - потому что это были имена античных богов, а бог один - и имена могут быть только у субъектов деятельности, а светила - объекты, вещи. А потом - у церковника Кеплера и церковника Ньютона.

Конечно наука вообще и небесная механика в частности - это не учение церкви, хотя люди церкви и занимались ими. Учение церкви - оно совсем о другом, оно существует параллельно с наукой и имеет иной предмет исследования. Церковь не учит как устроен Мир - Церковь учить как попасть на Небеса. Наука ищет ответ на вопрос "почему" - вера чаще ищет ответ на вопрос "зачем".

Почему движется пароход? Научный ответ: потому что уголь, сгорая в топке, обращает в пар воду, пар, расширяясь, давит на поршень паровой машины, поршень, совершая возвратно-поступательные движения, через кривошипно-шатунный механизм вращает вал, на котором укреплено колесо, лопсти которого загребают воду, отталкиваясь от которой пароход продвигается вперёд. А религиозный ответ - пароход движется потому, что его зафрахтовала Ост-Индская компания для доставки хлопка в Европу... Это конечно шутка - но иллюстративная. Конфликта-то нет по сути - оба объяснения - првильные.

Если конфликт и возникал, то по ошибке, а не потому что научное знание является помехой вере, а вера - помехой научному познанию. И эта ошибка свойственна не только церковной стороне - некоторые "люди науки" не меньше зла причинили людям церкви чем некоторые люди церкви людям науки.