Скорее всего именно так дело и обстояло. Незадолго до пуска экипаж получил указание включить установку и ждать цель в определенном секторе.
Первое что в него залетело оказался малазийский лайнер, который был принят экипажем за ИЛ-76. Скорее всего именно эту цель они и ожидали.

В том месте не могли находиться украинские экипажи, так территория контролировалась сепаратистами.
Кроме того существует простая азбучная истина. Цель получает повреждения с той стороны с которой был произведен выстрел.
Если же старт был совершен строго со стороны правого борта (с юга), а поврежденной оказалась левая сторона, то подобный расклад лично у меня доверия не вызывает.
Выстрел из района Снежного был произведен практически в лоб, поэтому поврежденной оказалась именно носовая часть.

Непонятно в этом деле только то, откуда вы черпаете подобную информацию.
Есть опубликованный отчет DSB, в котором ясно сказано, что никаких отклонений от штатного курса самолет не совершал и уж тем более не выходил за рамки коридора.