Справляли они втихаря свои религиозные культы и давали им жить по той причине, что неоднократно за этих людей заступалась Европа. Поэтому Османская Империя их и терпела у себя. В частности Британия заступалась за Грецию, а Россия защищала славянские народы на Балканах (и воевала неоднократно с турками). Но и это не всегда помогало: достаточно вспомнить войну Греции за свою независимость, или геноцид армян турками. Это было настоящее иго для христианских народов.
Я не понимаю - с чем, собственно, Вы не согласны? Если разговор идет по поводу мелочей (больше или меньше было прав у других религиозных групп в исламских государствах) - то это все, фактически, детали.
А вот основное состоит в том, что именно с помощью военной силы Ислам утверждался. И это принципиальная вещь в Исламе: война с неверными. Они насаждали свою веру военной силой - это факт против которого не попрешь! Будут возражения по этому поводу?