На мой взгляд, это противоречие объясняется рядом обстоятельств:
1. Автономный режим работы самоходки бука, это, скорее, внештатный режим его работы. В отсутствии поддержки, входящих в комплекс РЛС, обзор ограничен и по дальности и по сектору.
Соответственно, принимать решение нужно в несколько раз быстрее, не имея полной картины воздушной обстановки.
2. Возможно, им сообщили, что воздушное пространство перекрыто.
3. У военных был приказ сбивать, все, что появится в отведенном им секторе.
4. Отличить боинг от ил-76, по данным первичного радара, очень непросто, если вообще возможно. Тут вся надежда на многоступенчатую защиту от дурака.
Я думаю, что у стрелявшего бука эта защита была отключена, так как бук был крымский и его нужно было «переучить» стрелять по своим – украинским боевым самолетам.
Поэтому, что бы на заморачиваться, все блокировки пуска были отключены. Если бы бук был российским, то подобные манипуляции были бы не нужны и военные могли бы
распознать бук от сигналов, поступающих от транспондера, с самого боинга.