Это, опять же, зависит от того, что считать сектами...Вот в СССР баптистов, иеговистов, адвентистов и многих прочих евангелических христиан считали сектантами и арестовывали. Ни в одной стране мира они не считаются сектантами и не преследуются (разве что в гитлеровской Германии...).

Так с этим никто и не спорит. Другое дело, что, например, после разрыва дипломатических отношений СССР с Израилем посещение синагоги рассматривалось как намерение выехать в Израиль, то есть как измена Родине. Безнаказанно синагогу могли посещать только старики, а людям работающим или учащимся грозили неприятности по месту работы или учёбы. Не говоря уже о запрете на изучение иврита (на котором написаны все священные еврейские книги и молитвенник и на котором ведётся служба в синагоге...) и об отсутствии хотя бы одного-единственного учебного заведения, где бы готовили раввинов (для сравнения : учебные заведения по подготовке православных священников и мулл существовали).
На Украине были большие проблемы и для католиков. например, оба католических храма в Киеве были закрыты : в одном из них был планетарий, а в другом - вообще овощехранилище (!). После присоединения Западной Украины в 1939 г. украинцы-католики, которых там было немало, массово были отправлены в лагеря...