Действительно не понятна суть проблемы. Вы садитесь на самолет во Франкфурте, показываете нем. паспорт. Выходите в Минске, показываете укр. паспорт. Обратно - все тоже самое, только в обратной последовательности: Минск - укр.паспорт, Франкфурт - немецкий. Ведь любая граница имеет 2 стороны , и погранцы работают поодиночке. Другая ситуация, если написание Вашей фамилии в нем. паспорте значительно отличается от украинского, или Вы вообще поменяли фамилию после получения нем. гражданства. Тогда действительно будет сложно.
Самолетом не летал, но трижды был в Белоруссии с 2 паспортами, также нем. и укр., ехал дважды поездом и один раз на машине. Никаких проблем. Белорусов вовсе не интересуют Ваши недействительные ВНЖ с укр. паспорте, это проблемы Ваших взаимоотношений с немецким и украинским государством. Разве что в Минске могут задать вопрос, есть ли у Вас второй паспорт, покажете немецкий и полетите дальше.