3 паспорта 3 стран (один из них РФ) на 2 разные фамилии

Чистейший идиотизм. "Вы" и вас наслушаются и бегают как ошалевшие, как по границам, так и по форумам разным.

Пример один:

Вы убрали отчество в немецких, а немецкое получили на основании российского паспорта.

Решение вопроса - ЕСЛИ ОТКАЗАТЬСЯ от РФ гр-ва, тогда одна бумажка "Намэандэрунг" с переводом и апостилем решает все проблемы.

Пример два:

Если вы в ФРГ Фриц Мюллер, а в паспорте РФ вы Фриц Михалыч Мюллер или Иванов и у вас в Германии родился немец Изабелия-Василина Мюллер и вам надо ей получить гражданство РФ, так как вы Ивановы.

В России есть институт установления отцовства. Вы, Ивановы ТАМ в России устанавливаете отцовство ребёнка, или сразу в загсе, или через суд, или через суд через ДНК. Как там взбредет в голову кому. ВСЁ. И в России делаете загран на ребёнка и свидетельство о рождении на имя Иванова.

У ребёнка будет две фамилии в двух паспортах.

Лучше всего никакие российские документы НЕ изменять.

100 процентов "приводить в порядок" это кто живёт по ВНЖ.

Ваши сведения устарели. "одна бумажка "Намэандэрунг" с переводом и апостилем" проблемы не решает. точнее - решает не сразу. сначала надо будет пройти процедуру проверки гражданства РФ.