Прежде, чем оттуда ( РФ) выехать, надо туда как-то заехать.

Полагаете в' ехать в РФ в этой ситуации (в'езд по российскому ВНЖ , а выезд по внутреннему паспорту РФ)

можно через любой пограничный пункт?

Да любой, тупой высококвалифицированныйказахский пограничник спросит

по какому документу и как вы в'ехали в Казахстан?

и где пребывали всё это время на территории Казахстана?

Этот гражданин въезжает в Казахстан не по ВНЖ РФ, а по германскому паспорту. И выезжает из Казахстана тоже по германскому паспорту в РФ, заезжает в Россию по германскому паспорту и показывает на границе РФ свой ВНЖ, далее получает в России гражданство и внутренний паспорт РФ. Выезжает из России по внутреннему паспорту РФ показывает его на госгранице РФ, а на границе Казахстана при въезде уже показывает свой германский паспорт, ему ставят опять печать въезда, далее этот человек выезжает по германскому паспорту из Казахстана. Может конечно задержаться в Казахстане, но тогда ему в течении 3 рабочих дней надо зарегистрироваться в миграционной службе КЗ.