отсутствие "прописки" не означает "постоянного проживания за пределами РФ".

Из-за отсутствия известного прецедента, когда выписанный из РФ гражданин РФ, проживающий в ЕС, успешно встал на воинский учет в РФ, смею предположить, что регистрация по месту проживания для военкомата имеет значение и ее отсутствие не дает возможности поставить российского "бомжа" с пропиской ФРГ на воинский учет

думаете, учеба в немецком университете дает освобождение от срочной службы?

Иностранные студенты из РФ (без ВНЖ Германии и не по программе "Еrasmus") не такая уж и редкость были в свое время и ездили домой на каникулы, не опасаясь, что немецкий ВУЗ не подойдет в качестве признанного места учебы для военкомата, тем более, что нигде не сказано, что под местом учебы имеется ввиду исключительно ВУЗ на территории РФ. Хотя, конечно, у них ситуация более рискованная в плане предоставления доказательств военкомату, что не подлежишь призыву, чем у сына ТС. Нервов может понадобится больше, если переводы документов с учебы с апостилями военкому покажутся "филькиной грамотой"