всё это время была нелегальной мигранткой

Не были, для Германии Вы были гражданкой РФ, даже если в итоге окажется, что гражданства РФ у Вас нет. Для Германии просто будет означать, что Вы его утратили.

Получается мне нужно каким-то образом получить документ из Украины об утрате гражданства? Если оно было.

Если оно было, то Вы его не могли никаким образом утратить. Гражданство Украины автоматически не утрачивается. Вам надо сделать проверку наличия гражданства Украины. Если есть, значит Вы гражданка Украины, если нет, то будет справка, что нет. Это все надо будет в любом случае чиновникам для получения гражданства предоставить.

Может, Вам вообще не стоит сейчас бодаться с немецкими чиновниками. По закону, гражданства заявителя должны быть выяснены. У Вас уже это похоже не выполняется. Возможно, легче сейчас не тратить дальше деньги, а потом еще раз подать заявление. И не переживайте слишком сильно, ПМЖ у Вас есть, ничего с ним не случится, с гражданством Германии спешки нет.