Все верно, приезжала в Россию по замене паспорта в связи с заменой фамилии.Паспорт РФ выдали с отчеством, а в немецком отчества нет.

Совершенно не понимаю,каким образом в паспорте могло оказаться отчество. И ещё больше не понимаю,куда смотрела Ваша дочь,получая паспорт. Она что,не в курсе,что в её аусвайсе отчества нет? В МФЦ в таких случаях должны поменять паспорт в течении часа,вся цена вопроса - новое фото.

И если бы мы остались и сделали з/ паспорт в России, то в нем тоже было бы отчество И на границе при выезде, могли бы развернуть.

Если бы она сделала з/п в России с отчеством,то всё было бы гораздо проще.
И чего она боится ехать сейчас? Ведь как то выехала же обратно,после того,как получила паспорт? С тех пор в документах ничего не поменялось,как я понимаю?
Странно,что в консульстве отправляют на проверку на гражданство. Во всех российских базах данных она стоИт с отчеством,паспорт - основной документ,удостоверяющий личность гражданина РФ,выдан гораздо позже з/п, т.е. данные в нём актуальнее. Таким образом,это наоборот,з/п теперь неправильный,а не паспорт. По идее,можно было поменять з/п в связи со сменой ФИО,на общих основаниях,а потом ещё раз в связи с приведением данных в соответствие с немецкими. Т.е.,без проверки и поездки в РФ.