Отвечу за zabaikalka, думаю, она подтвердит.

1.В "бумажке" о принятии присяги и вступлении в гражданство РФ отчество было?

Не должно оно там быть, т.к. там данные такие же, как в заявлении на гражданство, а подается заявление по иностранному удостоверению личности - Reisepass-y и сделанному на его основании виду на жительство в РФ, а в них отчества нет.

2.А во внутренний паспорт отчество вносили?

Внесли 100%. На основании свидетельства о рождении (если только zabaikalka не отказывалась в Германии от отчества и не предоставила Namensänerungsurkunde с апостилем и нотар. либо консульским переводом)

3.А в загран будете вносить?

Такого вопроса никто спрашивать не будет: как будет во внутреннем паспорте, так будет и в загране.

4. Как (где) вы собираетесь делать загранпаспорт?

Как и любой гражданин РФ: будет прописка в РФ - в МВД по месту проживания сделают за месяц либо в МВД по месту пребывания сделают за 3 месяца. Выехать за пределы РФ, не имея загран РФ, не имеет права...

5. Постоянную регистрацию будете оформлять?

По закону в течении 10 дней обязана зарегистрироваться.